Quartus при своей работе создает множество файлов, большинство из которых служебные и изменяются от компиляции к компиляции. Естественно что подобные файлы не имеет смысла хранить в репозитории SVN, т.к. они не несут информацию о настройках проекта.

В Quartus основная информация находится в следующих файлах